Interactions Microorganismes-Hôtes-Environnements (IMHE)

La formation IMHE est originale dans l’offre régionale en proposant aux étudiants une formation par la recherche dans le domaine de la microbiologie générale et environnementale, à la fois fondamentale et appliquée.

Le master IMHE vise une connaissance approfondie des systèmes microbiens, abordant aussi bien l’étude des microorganismes en tant que cellules, populations et communautés dans leur environnement, que les interactions avec leurs hôtes (homme, animaux, plantes) et vecteurs. La formation aborde les interactions à l’échelle moléculaire, cellulaire et à l’échelle des communautés microbiennes, ainsi que l’effet des facteurs biotiques et abiotiques sur ces interactions. Elle approfondit le rôle des microorganismes dans le fonctionnement des écosystèmes, naturels et anthropisés. Les volets pratiques et finalisés de la microbiologie sont également traités, notamment les applications de la biomasse et de la diversité microbiennes dans les domaines de l’agriculture, de l’environnement, de la santé et des biotechnologies.

Des combinatoires d’Unités d’Enseignement (UE) permettent de proposer deux profils, l’un tourné vers la « Recherche Fondamentale » (profil 1), le second vers la « Recherche & Développement » (profil 2). Cette formation offre ainsi aux étudiants la possibilité de répondre à des objectifs professionnels diversifiés, avec un fort taux de placement des étudiants en Doctorat (40 à 50%) ou des débouchés professionnels en entreprise ou en laboratoire directement à l’issue de la formation. Les étudiants du profil 2 ont la possibilité d’acquérir une double diplomation en suivant des UE supplémentaires portées par l’IAE de Montpellier (sur sélection de dossier). La formation est ouverte à l’apprentissage.

Cette formation s’adosse à la forte communauté de recherche régionale dans le champ de la microbiologie et s’appuie sur une implication forte de chercheurs, enseignants-chercheurs, et d’industriels de cette communauté présents à Montpellier et plus largement en région Occitanie.

Le Master IMHE s’inscrit dans l’offre de formation qui fait suite à la Licence des Sciences de la Vie, Parcours Microbiologie de l’Université de Montpellier (Faculté des Sciences). Il est ouvert à tous les étudiants issus d’une Licence de Biologie ou des Sciences de la Vie avec une spécialisation en Microbiologie. Il s’inscrit aussi dans une logique de spécialisation en microbiologie pour des étudiants en médecine, pharmacie, odontologie et pour des étudiants-ingénieurs d’écoles en biologie du vivant et en agronomie (comme L’institut Agro).

Mots clés du Master IMHE : micro-organismes, microbiologie, microbiologie environnementale, écologie microbienne, microbiotes, émergence, résistance, adaptation, symbioses, parasitisme, génomique, métagénomique, valorisations microbiennes, bactéries, archées, virus, champignons, microalgues, microorganismes eucaryotes.

Présentation detaillée de la formation IMHE

Objectifs, organisation, liste des UE, partenaires, insertion…, c’est ici

Les étudiants du Master IMHE produisent des résultats scientifiques originaux !

Les travaux des étudiants IMHE, en collaboration avec les étudiants du master Bioinformatique, encadrés par leurs responsables pédagogiques respectifs et Jean-Christophe Avarre (chercheur ISEM-IRD) dans le cadre du projet BILL, ont débouché sur la publication d’un article dans une revue internationale à comité de lecture : lien vers l’article                                                                                             Klafack, S., Fiston-Lavier, A.-S., Bergmann, S.M., Hammoumi, S., Schröder, L., Fuchs, W., Lusiastuti, A., Lee, P.-Y., Heredia, S.V., Master student consortium, Gosselin-Grenet, A.-S., Avarre, J.-C. (2019). Cyprinid Herpesvirus 3 Evolves in vitro through an Assemblage of Haplotypes that Alternatively become Dominant or Under-Represented. Viruses 11, 754. 

Autre publication des étudiants IMHE sur The Conversation : lien vers l’article            Etudiants Master 1 IMHE (promo 2020), Gosselin-Grenet, A.-S., Avarre, J.-C. (2020). Le saut d’espèce : quand un virus animal engendre l’émergence d’une maladie humaine. The Conversation, publié le 4 novembre 2020.

La dernière publication des étudiants IMHE : lien vers l’article                                        Etudiants Master 2 IMHE (promo 2022), Teyssier C., Carré-Mlouka A. (2022). Apprentissage par la recherche à l’Université de Montpellier : Etude de la biodiversité microbienne du sol de la réserve naturelle du Lunaret. Étude et Gestion des Sols. Vol. 29. Pages 185-197.

Les étudiants présentent leurs résultats en congrès (JFV, JOBIM, Montpellier Omics Days, MicrobiOccitanie 2019, Microbes 2022, JFV 2024) et participent régulièrement à des actions de vulgarisation scientifique (Fête de la Science 2020 et 2021création de vidéos).

Master 1 IMHE

Réunion de rentrée prévue le lundi 2 septembre 2024.

Promo M1 2020

La première année M1 de la formation constitue le socle de la formation avec acquisition des fondamentaux en microbiologie générale et en écologie microbienne, elle inclut des TP et une sortie terrain. Les UE à choix permettent aux étudiants de suivre l’un des deux profils sans pour autant que ce choix soit définitif (il est possible de changer de profil à chaque semestre sans que cela ne porte préjudice aux résultats).

La pédagogie par projet et l’innovation pédagogique sont mises en avant. Grâce à une mutualisation de compétences avec le master Bioinformatique de la Faculté des Sciences, et la mise en place du Bioinformatics Learning Lab (BILL), laboratoire d’apprentissage interdisciplinaire innovant, les étudiants sont encouragés à être acteurs de leur formation, en gérant un mini-projet de recherche de A à Z (depuis l’échantillonnage sur le terrain, jusqu’à l’extraction d’ADN, le séquençage et l’analyse de séquences microbiennes, en M1) et en valorisant leurs résultats (publication, présentation en congrès, en M2). Plus d’infos sur BILL et les photos ici.

TP BILL (2021 et 2022)

La formation par la recherche est également permise à travers un stage long en laboratoire ou en entreprise (4 mois) débouchant sur la rédaction d’un mémoire et une soutenance orale devant un jury de spécialistes.

Sortie terrain à Perpignan (M1 2019)

Master 2 IMHE

La seconde année M2 de la formation approfondit les connaissances fondamentales et appliquées, et les compétences associées, initiées en première année. Les étudiants interagissent avec de nombreux chercheurs qui viennent présenter leurs travaux de recherche, autour de thématiques qui traitent des mécanismes moléculaires d’interactions entre microorganismes et hôtes (avec une grande diversité de modèles), du rôle des microorganismes dans les écosystèmes ou de leur valorisation.

Le M2 vise l’acquisition de la démarche de recherche scientifique. Les étudiants travaillent sur les ressources bibliographiques (recherche, compréhension, critique et synthèse bibliographiques) et les méthodes pédagogiques de communication et réalisent un stage long (6 mois) avec rédaction d’un rapport scientifique et une soutenance.

Au cours de la formation, plusieurs UE sont dédiées à l’insertion professionnelle, dans lesquelles les étudiants travaillent sur leur projet professionnel et personnel.

Les étudiants IMHE présentent leur résultats en congrès (MicrobiOccitanie 2019; JFV 2024)

A l’issue du M2, les étudiants passent les concours d’entrée en Ecole Doctorale, notamment l’ED GAIA, ou peuvent s’insérer directement dans la vie active en en laboratoire de recherche public ou dans les secteurs R&D en entreprise ; ces choix d’orientation sont permis grâce au choix de profil du M1/M2.

contenu de l’enseignement de m1 – semestre 1

TRONC COMMUN pour les Profils 1 et 2 :

Profil 1 (Recherche fondamentale)

+ Groupement à choix ‘profil spécifique’= 1 UE parmi :

  • Molecular basis of infectious diseases (HAV714V – 6 ECTS)
  • Interactions symbiotiques et parasitaires (HAB705B – 6 ECTS)

+ Groupement à choix = 1 UE parmi :

  • Bases de phylogénie et évolution (HAB708B – 3 ECTS)
  • Eléments de pathologie végétale (HAA713V – 3 ECTS)
Profil 2 (R&D)

+ UE obligatoire ‘profil spécifique’

+ Groupement à choix = 1 UE parmi :

  • Bases de phylogénie et évolution (HAB708B – 3 ECTS)
  • Eléments de pathologie végétale (HAA713V – 3 ECTS)
contenu de l’enseignement de m1 – semestre 2

TRONC COMMUN pour les Profils 1 et 2 :

Profil 1 (recherche fondamentale)

1 UE ‘profil spécifique’ :

Profil 2 (R&D)

Groupement à choix : 1 UE parmi

contenu de l’enseignement de m2 – semestre 1

TRONC COMMUN pour les Profils 1 et 2 :

Profil 1 (Recherche fondamentale)

+ Groupement à choix = 6 ECTS parmi :

Profil 2 (R&D)

+ Groupement à choix = 2 UE parmi :

Contenu de l’enseignement de m2 – semestre 2

Profil 1 (Recherche fondamentale)

Profil 2 (R&D)
Remise des diplômes 2023