Interactions Microorganismes-Hôtes-Environnements (IMHE)
La formation IMHE ʻInteractions Microorganismes-Hôtes-Environnementsʼ est originale et unique dans l’offre régionale en proposant aux étudiants une formation par et pour la recherche dans le domaine de la microbiologie.
Le master IMHE vise une connaissance approfondie des systèmes microbiens avec une démarche intégrative, abordant aussi bien l’étude des microorganismes en tant que cellules, populations et communautés dans leur environnement, que les interactions avec leurs hôtes (homme, animaux, plantes) et vecteurs. La formation aborde les interactions à l’échelle moléculaire, cellulaire et à l’échelle des communautés microbiennes, ainsi que l’effet des facteurs biotiques et abiotiques sur ces interactions. Elle approfondit le rôle des microorganismes dans le fonctionnement des écosystèmes, naturels et anthropisés. Les volets pratiques et finalisés de la microbiologie sont également traités, notamment les applications de la biomasse et de la diversité microbiennes dans les domaines de l’agriculture, de l’environnement, de la santé et des biotechnologies.
Des combinatoires d’Unités d’Enseignement (UE) permettent de proposer deux profils, l’un tourné vers la « Recherche Fondamentale » (profil 1), tandis que l’autre est plus axé vers la « Recherche & Développement » (profil 2). Cette formation offre ainsi aux étudiants la possibilité de répondre à des objectifs professionnels diversifiés, avec un fort taux de placement des étudiants en Doctorat (40 à 50%) ou des débouchés professionnels en entreprise directement à l’issue de la formation. Les étudiants du profil 2 ont la possibilité d’acquérir une double diplomation en suivant des UE supplémentaires portées par l’IAE de Montpellier (sur sélection de dossier). La formation est ouverte à l’apprentissage.
Cette formation s’adosse à la forte communauté de recherche régionale dans le champ de l’étude des microorganismes et s’appuie sur une implication forte de chercheurs, enseignants-chercheurs, et d’industriels de cette communauté présents à Montpellier et plus largement en région Occitanie.
Le Master IMHE s’inscrit dans l’offre de formation qui fait suite à la Licence des Sciences de la Vie, Parcours Microbiologie de l’Université de Montpellier (Faculté des Sciences). Il est ouvert à tous les étudiants issus d’une Licence de Biologie ou des Sciences de la Vie avec une spécialisation en Microbiologie. Il s’inscrit aussi dans une logique de spécialisation en microbiologie pour des étudiants en médecine, pharmacie, odontologie et pour des étudiants-ingénieurs d’écoles en biologie du vivant et en agronomie (comme L’institut Agro).
Mots clés du Master IMHE : Microorganismes, Microbiologie environnementale, Ecologie microbienne, Microbiotes, Emergences, Résistances, Adaptations, Symbioses, Parasitisme, (Méta)génomique, Valorisations microbiennes, Bactéries, Archées, Virus, Champignons, Microalgues, Microorganismes eucaryotes.
Présentation detaillée de la formation IMHE
Objectifs, organisation, liste des UE, partenaires, insertion…, c’est ici
Les étudiants du Master IMHE produisent des résultats scientifiques originaux !
Les travaux des étudiants IMHE promo 2019, en collaboration avec les étudiants du master Bioinformatique (ex-BCD), encadrés par leurs responsables pédagogiques respectifs et Jean-Christophe Avarre (chercheur ISEM-IRD) dans le cadre du projet BILL, ont débouché sur la publication d’un article dans une revue internationale à comité de lecture : lien vers l’article Klafack, S., Fiston-Lavier, A.-S., Bergmann, S.M., Hammoumi, S., Schröder, L., Fuchs, W., Lusiastuti, A., Lee, P.-Y., Heredia, S.V., Master student consortium, Gosselin-Grenet, A.-S., Avarre, J.-C. (2019). Cyprinid Herpesvirus 3 Evolves in vitro through an Assemblage of Haplotypes that Alternatively become Dominant or Under-Represented. Viruses 11, 754.
Autre publication des étudiants IMHE sur The Conversation : lien vers l’article Etudiants Master 1 IMHE (promo 2020), Gosselin-Grenet, A.-S., Avarre, J.-C. (2020). Le saut d’espèce : quand un virus animal engendre l’émergence d’une maladie humaine. The Conversation, publié le 4 novembre 2020.
La dernière publication des étudiants IMHE : lien vers l’article Etudiants Master 2 IMHE (promo 2022), Teyssier C., Carré-Mlouka A. (2022). Apprentissage par la recherche à l’Université de Montpellier : Etude de la biodiversité microbienne du sol de la réserve naturelle du Lunaret. Étude et Gestion des Sols. Vol. 29. Pages 185-197.
Les étudiants présentent leurs résultats en congrès (JFV, JOBIM, Montpellier Omics Days, MicrobiOccitanie 2019, Microbes 2022) et participent régulièrement à des actions de vulgarisation scientifique (Fête de la Science 2020 et 2021; création de vidéos).
Master 1 IMHE
Réunion de rentrée prévue le lundi 4 septembre 2023 (à confirmer).
Promo M1 2020
La première année M1 de la formation constitue le socle de la formation avec acquisition des fondamentaux en écologie microbienne et inclut des TP. Les UE à choix permettent aux étudiants de suivre l’un des deux profils sans pour autant que ce choix soit définitif. En effet, l’appartenance au même parcours (IMHE) permet à chaque semestre de changer de profil sans que cela ne porte préjudice aux résultats.
La pédagogie par projet et l’innovation pédagogique sont mises en avant. Grâce à une mutualisation de compétences avec le master Bioinformatique de la Faculté des Sciences, et la mise en place du Bioinformatics Learning Lab (BILL), laboratoire d’apprentissage interdisciplinaire innovant, les étudiants sont encouragés à être acteurs de leur formation, en gérant un mini-projet de recherche de A à Z (depuis l’échantillonnage sur le terrain, jusqu’à l’extraction d’ADN, le séquençage et l’analyse de séquences microbiennes, en M1) et en valorisant leurs résultats (publication, présentation en congrès, en M2). Plus d’infos sur BILL et les photos ici.
TP BILL (2021 et 2022)
La formation par la recherche est également permise à travers un stage long en laboratoire (4 mois) débouchant sur la rédaction d’un mémoire et une soutenance orale devant un jury de spécialistes.
Sortie terrain à Perpignan (M1 2019)
Master 2 IMHE
La seconde année M2 de la formation approfondit les connaissances fondamentales et appliquées, et les compétences associées, initiées en première année.Les étudiants interagissent avec de nombreux chercheurs qui viennent présenter leurs travaux de recherche, autour de thématiques qui traitent des mécanismes moléculaires d’interactions entre microorganismes et hôtes (avec une grande diversité de modèles), du rôle des microorganismes dans les écosystèmes ou de leur valorisation.
Le M2 vise l’acquisition de la démarche de recherche scientifique. Les étudiants travaillent sur les ressources bibliographiques (recherche, compréhension, critique et synthèse bibliographiques) et les méthodes pédagogiques de communication et réalisent un stage long (6 mois) avec rédaction d’un rapport scientifique et une soutenance.
Au cours de la formation, plusieurs UE sont dédiées à l’insertion professionnelle, dans lesquelles les étudiants travaillent sur leur projet professionnel et personnel.
Les étudiants IMHE présentent leur résultats en congrès (M2 2019)
A l’issue du M2, les étudiants passent les concours d’entrée en Ecole Doctorale, notamment GAIA dont relève le Master, ou peuvent s’insérer dans les secteurs R&D en entreprises ; ces choix d’orientation sont permis par la continuité des 2 profils du M1 en M2.
Contenu de l’enseignement M1 – Semestre 1
TRONC COMMUN pour les Profils 1 et 2 :
- Ecologie microbienne (HAA712V – 6 ECTS)
- Emergences Résistances Adaptations (HAA714V – 3 ECTS)
- Immunité et génétique des interactions microorganismes-hôtes (HAA717V – 2 ECTS)
- Anglais scientifique (HAA703L – 5 ECTS)
- Biostatistiques avec R (HAA708V – 5 ECTS)
Profil 1 (Recherche fondamentale)
+ Groupement à choix ‘profil spécifique’= 1 UE parmi :
- Molecular basis of infectious disease (HAV714V – 6 ECTS)
- Interactions symbiotiques et parasitaires (HAB705B – 6 ECTS)
+ Groupement à choix = 1 UE parmi :
- Phylogénie et évolution (HAB708B – 3 ECTS)
- Eléments de pathologie végétale (HAA713V – 3 ECTS)
Profil 2 (R&D)
+ UE obligatoire ‘profil spécifique’
- Microbiologie et toxicologie alimentaires et environnementales 1 (HAA722V – 3 ECTS)
- Microbiologie et toxicologie alimentaires et environnementales 2 (HAA723V – 3 ECTS)
+ Groupement à choix = 1 UE parmi :
- Eléments de pathologie végétale (HAA713V – 3 ECTS)
- Phytochimie et valorisation des biomolécules (HAA726V – 3 ECTS)
- Phylogénie et évolution (HAB708B – 3 ECTS)
Contenu de l’enseignement M1 – Semestre 2
TRONC COMMUN pour les Profils 1 et 2 :
- Ecologie microbienne moléculaire 1 (HAA803V – 3 ECTS)
- Ecologie microbienne moléculaire 2 (TP BILL – HAA804V – 2 ECTS)
- Bioinformatics Learning Lab (BILL – HAU802I – 2 ECTS)
- Stage long M1 4 mois (HAA818V – 18 ECTS)
- Préparation au stage et insertion professionnelle (HAA707V – 2 ECTS)
Profil 1 (recherche fondamentale)
1 UE ‘profil spécifique’ à choix :
- MicrobiEAU (HAA808V – 3 ECTS)
- Parasitologie intégrative (HAA810V9 – non ouvert en 2021-2022)
Profil 2 (R&D)
Groupement à choix : 1 UE parmi
Contenu de l’enseignement M2 – Semestre 1
TRONC COMMUN pour les Profils 1 et 2 :
- Analyse critique et synthèse d’articles scientifiques (HAA902V – 6 ECTS)
- Interactions des microorganismes avec leurs hôtes (HAA923V – 6 ECTS)
- Rôle des microorganismes dans le fonctionnement des écosystèmes-1 (HAA938V – 3 ECTS)
- Rôle des microorganismes dans le fonctionnement des écosystèmes-2 (HAA939V – 3 ECTS)
- Projet de recherche (HAA934V – 3 ECTS)
- Anglais scientifique (HAA904L – 3 ECTS)
Profil 1 (Recherche fondamentale)
+ Groupement à choix = 6 ECTS parmi :
- Virologie (HAA935V – 3 ECTS)
- Molecular and Cellular Bacteriology (HAV913V – 6 ECTS)
- Interactions et signalisations (HAA924V – 3 ECTS)
- Ecole thématique (HAA913V – 3 ECTS)
- Phylogénie approfondie (HAB946B – 3 ECTS)
- Bioproduction et valorisation de la biodiversité microbienne (HAA910V – 3 ECTS)
Profil 2 (R&D)
+ Groupement à choix = 2 UE parmi :
- Gestion de projets (HAA920V – 3 ECTS)
- Bioproduction et valorisation de la biodiversité microbienne (HAA910V – 3 ECTS)
- Virologie (HAA935V – 3 ECTS)
Contenu de l’enseignement M2 – Semestre 2
Profil 1 (Recherche fondamentale)
- Stage M2 en laboratoire de 6 mois (HAA011V – 27 ECTS)
- Réseaux et projet professionnels (HAA006V – 3 ECTS)
Profil 2 (R&D)
Remise des diplômes 2019